Setelah kemerdekaan, Gatot Mangkoepradja kembali bergabung dengan PNI pada tahun 1948 dan menjabat sebagai Sekretaris Jenderal PNI.
Namun, pada tahun 1955 ia meninggalkan PNI karena anggota PNI dilarang terlibat dalam organisasi kedaerahan.
Setelah itu, ia terlibat dalam Gerakan Pembela Panca Sila (GPPS), sebuah organisasi front yang dibentuk oleh mantan pimpinan PNI di Jawa Barat untuk Pemilu 1955.
Baca Juga:3 Senjata Tradisional Bali, Salah Satunya Ada Keris Juga?Progres Kota Bandung Sehat Semakin Nyata, ODF Telah Mencapai 100 Persen
Setelah peristiwa Gestapu tahun 1965, Gatot Mangkoepradja masuk ke Partai Ikatan Pendukung Kemerdekaan Indonesia karena partai ini berjuang untuk melindungi Pancasila dari ancaman komunisme.
Gatot Mangkoepradja meninggal dunia pada tanggal 4 Oktober 1968 dan dimakamkan di pemakaman umum Sirnaraga, Bandung.***