Sehingga pada tahun 2000, Subdit Polair dan Subdit Poludara kembali dipersatukan menjadi Direktorat Polairud yang dipimpin oleh Brigjen Pol Drs. F. X. Soemardi SH. Kemudian, Kapolri mengeluarkan SK No. Skep/9/V/2001 tanggal 25 Mei 2001 yang mengatur bahwa Direktorat Polairud dibawah koordinasi Deops Kapolri yang membawahi Subdit Polair dan Subdit Poludara.
Namun, penggabungan tersebut tidak berlangsung lama setelah Kapolri kembali mengeluarkan SK No: Skep/53/X/2002 tanggal 17 Oktober 2002 yang memisahkan kembali Polair dan Poludara. Sehingga, terbentuklah Direktorat Polair dan Direktorat Poludara yang masing-masing dipimpin oleh seorang Brigjen Polisi dan berada dibawah Babinkam Polri.
Pada tanggal 14 September 2010, Kapolri mengeluarkan peraturan Kapolri No. 21 tahun 2010 tentang Struktur Organisasi Tata Kerja pada tingkat Mabes Polri. Seiring dengan perubahan organisasi, Babinkam Polri berubah menjadi Badan Pemeliharaan dan Keamanan Polri (Baharkam Polri). Oleh karena itu, Ditpolair berubah menjadi Ditpolair Baharkam Polri dan Ditpoludara berubah menjadi Ditpoludara Baharkam Polri.
Baca Juga:Khofifah Dukung Prabowo, Anies: Kita Menghormati Pilihan, Tapi Aspirasi Perubahan Makin KuatKhofifah Dukung Prabowo-Gibran: Siap Bergabung Dalam Struktur TKN
Pada tahun 2017, berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia No. 5 Tahun 2017 tentang Perubahan Atas Peraturan Presiden Nomor 52 Tahun 2010 tentang Susunan Organisasi Dan Tata Kerja Kepolisian Negara Republik Indonesia, kembali Ditpolair dan Ditpoludara mengalami perubahan organisasi , yang semula dibawah langsung Baharkam Polri sekarang menjadi di bawah Korpolairud (Korps Kepolisian Perairan dan Udara) Baharkam Polri.
Korpolairud Baharkam Polri merupakan unsur pelaksana utama yang berada dibawah Kabaharkam Polri yang dipimpin oleh Kakorpolairud dan bertanggung jawab kepada Kabaharkam Polri, serta membawahi dua Direktorat yaitu Direktorat Kepolisian Perairan dan Direktorat Kepolisian Udara.
Tentang Ditpolairud Polda Jatim
Misi:
Terwujudnya sinergitas kemitraan dan kepercayaan masyarakat pantai demi terwujudnya keamanan dan ketertiban di wilayah perairan Jatim;
Visi:
Memberikan perlindungan, pengayoman dan pelayanan secara mudah, responsif, tidak diskriminatif dan tidak membebani masyarakat di wilayah perairan Jatim;
Menegakkan hukum secara profesional, obyektif, proporsional, transparan dan akuntabel guna menjamin kepastian hukum dan rasa keadilan di wilayah perairan Jatim;
Mengembangkan pemolisian masyarakat yang berbasis pada masyarakat patuh hukum;
Menjaga keamanan, keselamatan, ketertiban dan kelancaran lalu lintas arus orang dan barang di wilayah perairan Jatim;