Sehingga pada 2000, Subdit Polair dan Subdit Poludara kembali dipersatukan menjadi Direktorat Polairud yang dipimpin oleh Brigjen Pol Drs F. X. Soemardi SH. kemudian, Kapolri mengeluarkan SK No. Skep/9/V/2001 tanggal 25 Mei 2001 yang mengatur bahwa Dit Polairud dibawah koordinasi Deops Kapolri yang membawahi Subdit Polair dan Subdit Poludara.
Pada 2017, berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia No. 5 Tahun 2017 tentang Perubahan Atas Peraturan Presiden Nomor 52 Tahun 2010 tentang Susunan Organisasi Dan Tata Kerja Kepolisian Negara Republik Indonesia, kembali Ditpolair dan Ditpoludara mengalami perubahan organisasi, yang semula dibawah langsung Baharkam Polri sekarang menjadi di bawah Korpolairud (Korps Kepolisian Perairan dan Udara) Baharkam Polri. Korpolairud Baharkam Polri merupakan unsur pelaksana utama yang berada di bawah Kabaharkam Polri yang dipimpin oleh Kakorpolairud dan bertanggung jawab kepada Kabaharkam Polri, serta membawahi dua Direktorat yaitu Direktorat Kepolisian Perairan dan Direktorat Kepolisian Udara.***