Universitas Pakuan memiliki program Pascasarjana, yaitu:
Program Doktor
Program Doktor Manajemen Pendidikan
Program Doktor Ilmu Manajemen
Program Magister
Program Studi Administrasi Pendidikan
Program Studi Manajemen Lingkungan
Program Studi Hukum
Program Studi Manajemen
Program Studi IPA
Universitas Pakuan memiliki 6 Fakultas, yaitu:
Fakultas Hukum
Fakultas Ekonomi 1. Program Studi Manajemen 2. Program Studi Akuntansi
Fakultas Keguruan & Ilmu Pendidikan
Program Studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia
Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris
Program Studi Pendidikan Biologi
Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar
Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Budaya
Program Studi Ilmu Komunikasi
Program Studi Bahasa dan Sastra Inggris
Program Studi Bahasa dan Sastra Indonesia
Program Studi Bahasa dan Sastra Jepang
Fakultas Teknik
Program Studi Teknik Geologi
Program Studi Teknik Geodesi
Program Studi Teknik Sipil
Program Studi Teknik Planologi
Program Studi Teknik Elektro
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Program Studi Biologi
Program Studi Kimia
Program Studi Matematika
Program Studi Ilmu Komputer/Teknik Informatika
Program Studi Farmasi
Universitas Pakuan juga memiliki program D3 (Akuntansi, Perpajakan, Manajemen Keuangan dan Perbankan, Teknik Komputer, Manajemen Informatika).